MONTAGEM DO TRANSCRIPTOMA DE Coffea eugenioides E IDENTIFICAÇÃO DE GENES DIFERENCIALMENTE EXPRESSOS EM FOLHAS E FRUTOS

Resumo

O café é uma das principais commodities agrícolas do Brasil. Dentre as 124 espécies do gênero, Coffea arabica e Coffea canephora representam a maior parte da produção de café mundial. C. arabica é um alotetraplóide, originado a partir de uma hibridação natural entre C. canephora e C. eugenioides. O parental C. eugenioides ainda é muito pouco estudado, mas muitas características genéticas dos cafés Arábicas comerciais foram herdadas desta espécie. Desta forma, é importante aumentar o conhecimento sobre os genes funcionalmente ativos no transcriptoma de C. eugenioides. Em um trabalho anterior foi realizado a montagem ab initio do transcriptoma de C. eugenioides. O presente projeto teve como objetivo realizar a montagem, anotação funcional dos transcritos de folhas e frutos de C. eugenioides utilizando o seu genoma como referência para o alinhamento das sequências. Foram utilizadas duas bibliotecas de RNA-Seq (folhas e frutos) de C. eugenioides sequenciadas via plataforma Illumina Hiseq2000. Primeiramente foi realizado o alinhamento das bibliotecas contra o genoma de referência, disponibilizado pelo Consórcio ACGC, através do software HISAT2. Para montagem dos reads alinhados em transcritos foi utilizado o software StringTie e em seguida, o software Kallisto para a quantificação dos transcritos. O software DESeq2 foi utilizado para identificação de genes diferencialmente expressos em frutos e folhas. Para anotação utilizamos o BlastX contra o banco de dados de sequências não redundantes (NCBI-nr). Foi realizada uma análise comparativa com a ferramenta BlastN contra bancos de dados de transcriptomas de C. arabica e C. canephora pré-existentes. O resultado da montagem de transcritos identificou 16.743 contigs únicos para C. eugenioides, estas sequências apresentaram similaridade de 82,06% com ESTs de C. arabica, 91,38% em CDS de C. canephora, 94,87% com o RNA-Seq de C. arabica. Em relação ao trabalho de transcritoma ab initio, foi observado 98,07% de similaridade e foram identificados 322 novos transcritos, das quais 36 não foram descritos nas bases de dados da Coffea spp. Além disso, foram identificados 414 e 509 genes diferencialmente mais expressos em folhas e frutos, respectivamente.