DESENVOLVIMENTO E VALIDAÇÃO DE UMA PLATAFORMA DE GENOTIPAGEM EM LARGA ESCALA PARA Coffea canephora

Resumo

O cultivo de espécies de café como Coffea canephora e C. arabica são muito importantes em regiões tropicais de todo o mundo e possuem grande valor econômico e cultural. As plataformas de genotipagem de SNPs oferecem ensaios altamente multiplexados a um custo relativamente baixo e podem ser uma ferramenta válida para a identificação dos marcadores associados a características de interesse. Neste trabalho nós descrevemos o desenvolvimento e a validação de uma plataforma de genotipagem Affymetrix Axiom (®) para C. canephora (Coffee Axiom chip – 26K) com SNPs identificados a partir de dados de resequenciamento de pools de C. canephora, cobrindo a maior parte da diversidade genética conhecida para a espécie, e distribuídos ao longo de todo o genoma. Mais de 1.500 indivíduos de C. canephora foram genotipados com o chip para se avaliar a eficácia do mesmo. A grande maioria dos SNPs (20.920 ou 82%) pertence à classe de polimorfismos de alta resolução. O chip Coffee Axiom - 26K  se constitui uma ferramenta de referência para a pesquisa de genética molecular e genética de populações em espécies de café.