EXPRESSÃO ALELO ESPECÍFICA EM Coffea canephora ASSOCIADOS À RESISTÊNCIA A NEMATOIDES

Resumo

O café representa uma das principais commodities do mundo, sendo o Brasil considerado o maior produtor mundial de C. arabica e o segundo maior produtor de C. canephora. Entretanto, o parasitismo por nematoides limita o cultivo do cafeeiro, sendo considerado um dos principais fatores responsáveis por perdas na produtividade das lavouras cafeeiras. Dentre os nematoides, o gênero Meloidogyne spp. destaca-se como um dos principais, já que possui uma ampla disseminação causando inúmeros prejuízos. A utilização de técnicas de biologia molecular e análise genômica permitem a identificação e caracterização de genes candidatos à resistência a nematoides no café e oferecem uma alternativa para o controle de doenças, pois esses genes podem ser utilizados como marcadores em programas de melhoramento por seleção assistida. O objetivo do presente trabalho foi identificar a frequência e os modos de variação alélica regulatória através de dados de RNAseq de clones de C. canephora previamente caracterizados como resistente e suscetível a infecção por nematoides. Análises comparativas do perfil de expressão gênica de estudos de RNAseq de RNAs extraídos de raízes do clone 14 de C. canephora (resistente) e do clone 22 (suscetível) infectadas e não infectadas por M. paranaensis foram realizadas. A partir dos resultados das análises de RNAseq, genes com domínio NBS-LRR foram identificados como possíveis candidatos. A expressão alélica específica foi calculada por meio do ASEReadCounter (GATK). Foi possível identificar a partir das análises de expressão alélica específica que 74 genes candidatos apresentam especificidade alélica significativa, estes genes já foram descritos em trabalhos anteriores como relacionados à resposta a estresses bióticos.